تهتم جراحة الأمعاء بشكل رئيسي بأمراض الأمعاء والشرج. أمراض الأمعاء الرئيسية في جراحة القولون والمستقيم:

• ما هي الأمراض المعوية؟
• الإمساك (الامساك)
• رتج ميكيل
• الأورام السرطانية
• الإسهال (الإسهال – دياري)
• التهاب الزائدة الدودية
• الغاز الزائد – الغازات المعوية
• مرض هيرشسبرونغ
• انسداد معوي
• داء كرون
• زائدة لحمية
• التهاب المستقيم المرتبط  بالإشعاع
• الغزل المعوية
• مرض الرتوج
• ستوما (فغر)
• إلتهاب القولون التقرحي
• متلازمة القولون العصبي
• تقرير المرض ( زائدة لحمية)
• تقريرالأمراض (الأمعاء)

• تنظير القولون
• اختبارات الشرجية
• MR (الرنين المغناطيسي)
• تنظير الشرج
• كبسولة التنظير
• المسح الذري PET / CT
• التصوير المقطعي (CT )
• الموجات فوق الصوتية
• الرنين المغناطيسي الديناميكي
• اختبار احتباس الماء
• فيلم الأمعاء الغليظة
• تنظير القولون الافتراضي
• استئصال الزوائد اللحمية
• تنظير المستقيم
• التنظير السيني

يطلق على قسم الجراحة العامة  الذي يتعامل مع أمراض المستقيم والشرج ، اسم قسم أمراض  المستقيم

اختصاصي أمراض المستقيم أوتخصص المستقيم وهو الاسم الذي يطلق على الجراحين العاملين   بشكل مكثف في أمراض المستقيم والشرج.